Анализ данных определяет «мать» всех геномов SARS-CoV-2

В области молекулярной эпидемиологии мировое научное сообщество пытается разгадать загадку ранней истории SARS-CoV-2.

С момента обнаружения первой вирусной инфекции SARS-CoV-2 в декабре 2019 года десятки тысяч его геномов были секвенированы по всему миру, что показало, что коронавирус мутирует, хотя и медленно, со скоростью 25 мутаций на геном в год.

Но, несмотря на значительные усилия, на сегодняшний день никто не выявил первый случай передачи инфекции от человека или «нулевого пациента» в пандемии COVID-19. Обнаружение такого случая необходимо, чтобы лучше понять, как вирус, возможно, спрыгнул со своего животного-хозяина первым, чтобы заразить людей, а также историю того, как вирусный геном SARS-CoV-2 мутировал с течением времени и распространился по всему миру.

«Вирус SARS-CoV-2 несет геном РНК, который уже заразил более 35 миллионов человек по всему миру», – сказал Судхир Кумар, директор Института геномики и эволюционной медицины Университета Темпл. «Нам нужно найти этого общего предка, которого мы называем геномом предка».

Этот геном-предшественник является матерью всех коронавирусов SARS-CoV-2, заражающих людей сегодня.

В отсутствие нулевого пациента Кумар и его исследовательская группа из Университета Темпл теперь, возможно, нашли лучший способ помочь всемирной детективной молекулярной эпидемиологии. «Мы решили реконструировать геном предка, используя большой набор данных геномов коронавируса, полученных от инфицированных людей», – сказал Саяка Миура, старший автор исследования.

Они обнаружили «мать» всех геномов SARS-CoV-2, и его ранние штаммы потомства впоследствии мутировали и распространились, чтобы доминировать в мировой пандемии. «Мы реконструировали геном-предшественник и нанесли на карту место и время возникновения самых ранних мутаций», – сказал Кумар, автор исследования препринта, который можно найти на сервере bioRxiv.

Таким образом, их работа позволила по-новому взглянуть на раннюю историю мутаций SARS-CoV-2. Например, в их исследовании сообщается, что мутация белка-шипа SARS-CoV-2 (D416G), часто приводящая к повышенной инфекционности и распространению, произошла после многих других мутаций, через несколько недель после начала COVID-19. «Он почти всегда обнаруживается вместе со многими другими белковыми мутациями, поэтому его роль в увеличении инфекционности остается трудно установить», – сказал Сергей Понд, старший соавтор исследования.

Помимо своих выводов о ранней истории SARS-CoV-2, группа Кумара разработала мутационные отпечатки пальцев, позволяющие быстро распознавать штаммы и субштаммы, заражающие человека или колонизирующие глобальный регион.

услуги нутрициологаАвтор сайта и статей: Наталья Степанова, нутрициолог-психолог, консультант по питанию и коррекции веса. Подробнее обо мне

Я в соц. сетях: Vk, Instagram.

Рейтинг
Еще статьи нутрициолога:
Adblock
detector